La sangrienta Batalla de Yahuarcocha ocurrió en el año 1487. Los cayambis se habían percatado de que sus fuerzas no eran suficientes para enfrentar a los incas en una batalla a campo abierto, y según el misionero español, Bernabé Cobo (en su libro del siglo XVII llamado Historia del Imperio Inca), ellos se retiraron para hacer una gran fortaleza.

Huayna Capac ordenó a sus hombres que asediaran la fortaleza y la bombardearan continuamente. Los cayambe opusieron gran resistencia y obligaron a los incas a retroceder debido a la gran cantidad de muertes. Huayna Capac reunió a un gran ejército y sometió definitivamente a los "rebeldes". Finalmente los incas tuvieron éxito en sacar a los cayambe de sus fortalezas a la orilla del lago.

Una masacre en la Laguna de Yahuarcocha
Cuando Huayna-Capac finalmente conquistó las tribus, documentos históricos registran que él masacró a todos los hombres caranqui de 12 años en adelante y lanzó sus cuerpos a Yahuarcocha, cuyo color se volvió rojo por causa de la sangre.

Cobo escribe que "los incas ordenaron a sus hombres que les cortaran la garganta a los enemigos sin lástima alguna, ya que los habían cazado para luego lanzar sus cuerpos al lago."